Por sua composição completa e balanceada, o leite é um substrato ideal para o desenvolvimento de diversos grupos de microrganismos, tais como: bactérias, bolores, leveduras ou vírus, que podem ocasionar significativas alterações no leite e mesmo em sua composição. Por esta razão, os microrganismos são considerados o maior inimigo do leite, já que encontram nele um ótimo meio para seu desenvolvimento.

O microrganismo no leite provém de diversas fontes. O próprio úbere é um local propício a contaminações já que é impossível torná-lo estéril, o que os produtos rurais e as grandes empresas fazem é evitar tanto as contaminações posteriores.

Os microrganismos podem ficar em suspensão no ar ou aderentes às partículas de pó, daí a razão pela qual se deve evitar toda poeira durante a ordenha. Um pequeno número de microrganismos caídos no leite reproduz-se ativamente, já que ele não é um alimento completo somente para os animais superiores, mas para os microrganismos também.

Bactérias

Dentre os microrganismos existentes no leite, os que possuem maior importância são as bactérias. As bactérias dividem-se em dois grupos: as Gram-positivas e as Gram-negativas. Dentro desta classificação estão as bactérias lácticas, os micrococos e estafilococos, entre outras bactérias patogênicas.
As bactérias lácticas são muito importantes em produtos lácteos, pois fazem parte da flora que fermenta a lactose (fermentos lácteos), originando quantidades consideráveis de ácido láctico e ácido pirúvico. São exemplos de microrganismos deste grupo os Lactobacillus e os Streptococcus.

Os micrococos fazem parte da flora inócua que contamina o leite. Não são patogênicos, possuem atividades enzimáticas reduzidas e praticamente não afetam a conservação e o tratamento do leite. Os estafilococos, são microrganismos anaeróbios facultativos, provocam fermentação ácida da glicose, diminuindo o pH do leite. Requer maior preocupação neste grupo o Staphylococcus aureus, patogênico e produtor de enterotoxinas.

Neste caso, o microrganismo é termolábil, ou seja, é destruído pela ação do calor, entretanto sua enterotoxina é termoestável ou termo resistente, ou seja, resiste a ação do calor. Isto significa dizer que, se houver produção desta enterotoxina no leite cru, durante o processo de pasteurização ela não será destruída.

Bactérias Esporuladas

As bactérias esporuladas possuem uma característica importante: resistem a tratamentos térmicos elevados. Neste grupo estão os Bacillus, bastante importantes em leites concentrados, fervidos ou esterilizados, queijos fundidos, queijos de massa cozida, entre outros, que sofreram algum tipo de aquecimento.

Neste grupo de bactérias esporuladas as que merecem maior atenção são os Bacillus e o Clostridium. O gênero Bacillus é formado por bactérias esporuladas aeróbias estritas ou anaeróbias facultativas, com capacidade de promover a acidificação, coagulação e proteólise no leite.

Por outro lado, o gênero Clostridium é formado de bactérias esporuladas anaeróbias estritas, que estão relacionadas com a produção de gás em queijarias (estufamento tardio) ou produção de algumas toxinas pelo Clostridium perfringens.

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